Die Nutzer des Herkunftskennzeichen Deutschland unterwerfen sich einer regelmäßigen unabhängigen Prüfung durch bewährte und im Markt etablierte Prüfsysteme wie QS, ORGAINVENT, IFS u.a. Mit diesen Prüfsystemen hat ZKHL eine Kooperationsvereinbarung geschlossen, welche die jeweiligen Prüfungsverfahren um eine gezielte Prüfung des Herkunftskennzeichens Deutschland erweitert. So werden bewährte Strukturen genutzt und Synergien geschaffen. ZKHL hat dazu mit den etablierten Prüfsystemen eine eigene Prüfsystematik entwickelt.
Es finden regelmäßige Kontrollen des Herkunftskennzeichens im Rahmen der kooperierenden Prüfsysteme statt.